wwwなし（ネイキッドドメイン）（または wwwあり）で、ホームページにアクセスできてしまうため、アクセスできないように制限できますか？
はい。
「.htaccess」に記載をすることでアクセスを限定できます。
方法はいくつかありますが、参考としてRewriteRuleを以下で書き換えれば「wwwなし（または wwwあり）」で、アクセスできないようにできます。
「wwwあり」でのみアクセス可能にする場合
RewriteEngine On RewriteCond %{HTTP_HOST} !^www\. RewriteRule ^(.*)$ http://www.%{HTTP_HOST}%{REQUEST_URI} ※SSL利用時は、3行目を「
https:// 」に変更してください。「wwwなし」でのみアクセス可能にする場合
RewriteEngine On RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www\.(.*) RewriteRule ^(.*)$ http://%1%{REQUEST_URI} ※SSL利用時は、3行目を「
https:// 」に変更してください。